表面上高連‧京是一個世界有名的花花公子，他擁有所有人都夢寐以求的一切，他強壯、英俊，有用之不盡的家財，而且經常周旋在世界各地之上流社會的交際場合中，其實在暗地裏高連是爲一個叫「軍械組」的秘密組織工作；軍械組是世界最大的地下軍火商，由利劍、手鎗以至核子彈頭他們都有出售。而他們的顧客遍佈在世界上的各角落，軍械組並且會爲他們的顧客設計一些獨特的武器，及提供訓練課程，讓他們的顧客能掌握運用各種武器的技巧，高連是「軍械組」的戰士──「忍者」。他的任務是要對付軍械組的敵人和確保軍械組的交易可順利進行。
直到近期「軍械組」的幾名要員都被人暗殺，而他們的幾個軍火庫亦遭破壞。令整個軍械組完全互解。高連為了要査出毁滅軍械組的幕後黑手，四出偵査，最後他終能發現，這一切都是斯博士的陰謀。
斯博士是國際性恐怖組織「衞網」的首腦，他認為軍械組的存在是會影響到「衞網」的利益，而且他曾多次運用陰謀去控制軍械組，但結果都失敗。因此他便派人暗殺軍械組的領袖們，令他們的組織瓦解。
軍械組被消滅後，斯博士便安心地進行他的黑水行動了。「黑水」是一種奇特的化學品，它可以令空氣中的氫和氧迅速溶合，只要發放出小量的黑水就可以令沙漠立刻變成澤國，黑水行動中斯博士積極向一些交戰中的國家推銷黑水，因為只要黑水放入導彈中，那國家就可以令他們敵國所有大城市迅速變成一片汪洋。
為了報仇，高連便以忍者的身分四出狙殺「衞網」的成員，破壞他們的交易。在首兩期的「機動忍者」中我們會看到忍者和斯博士如何鬥智鬥力。而以後的故事將會逐漸地解開高連•京身世之謎，漫畫迷將會知他如何在日本長大，習武，以及到底甚麼的原因令他由一個有錢闊少搖身一變而成爲軍械組的保護者──「忍者」。
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